Professor & Pesquisador

Dr. Rafael Vieira, Química Orgânica, Quimioinformática & Ciência de Dados Moleculares

Professor e pesquisador especializado em quimiometria, aprendizado de máquina e análise de produtos naturais, atuando na formação de novos pesquisadores na interseção entre química, estatística e ciência da computação.

Foto do Prof. Rafael Vieira
Projetos

Conheça meus trabalhos como pesquisador e professor

Livros, plataformas e ferramentas desenvolvidas para pesquisa e ensino.

Livro

Aprendizado de Máquina no Reconhecimento de Padrões Moleculares

Abordagem completa combinando quimiometria e machine learning para análise de produtos naturais, com datasets e código-fonte reproduzível.

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Plataforma

Dynamic Dock

Plataforma para docking proteína-ligante e preparação de dinâmica molecular, com detecção automática de sítios ativos usando AutoDock Vina.

Plataforma

PREDACTORS

Plataforma que prediz a atividade biológica de moléculas orgânicas a partir do SMILES, usando Machine Learning treinado com dados de docking molecular.

Plataforma

ArboMol

Plataforma a qual permite a classificação molecular de estruturas orgânicas perante arboviroses associadas à dengue, zika e Chikungunya.

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Plataforma

RV_MASS

Plataforma RV_MASS (MOLECULAR ANALYSIS, STRUCTURE & SPECTRAL SIMULATION).

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Ensino

ENADE Química

Plataforma de revisão para o ENADE voltada a estudantes de Licenciatura em Química.

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Extensão

RECICLA AÍ

(DIVULGAÇÃO DO PROJETO DA PROFA. DRA. JOCI NEUBY)

Lindo projeto de Extensão realizado pela profa. Dr. Joci Neuby.

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Gamificação

Game Ludo Orgânico

Projeto para gamificação do ensino de química orgânica desenvolvido no Projeto PIEX.

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Gamificação

Game "Elementar - Jogo de tabuleiro químico"

Jogo de perguntas e respostas envolvendo áreas diversas da química. Inspirado no jogo LUDO Orgânico.

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Plataforma

Trilha do Carbono

Plataforma de ensino de química orgânica com tecnologia assistiva de áudio.

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Plataforma

IRIS - INFRARED SYSTEM

Ferramenta de análise de dados em espectroscopia infravermelha.

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Plataforma

NUMARES - RMN Systems

Ferramenta de análise de dados em espectroscopia de ressonancia magnética nuclear (RMN).

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Minicurso - 21/10

MINICURSO - QUÍMICA COMPUTACIONAL

MINICURSO PROPOSTO PARA A SEMANA NACIONAL DE CIÊNCIA E TECNOLOGIA DE 2026

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Disciplinas

Materiais de apoio às disciplinas

Plataformas de estudo com flashcards, quizzes e vídeo-aulas para os estudantes de Licenciatura em Química do IFRO.

Disciplina (ENS. TÉCNICO)

Química Orgânica I

Plataforma de apoio com flashcards, quizzes e vídeo-aulas cobrindo fórmulas moleculares, funções orgânicas; isomeria e propriedades de compostos orgânicos.

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Disciplina (ENS. TÉCNICO)

Química Orgânica II

Plataforma de apoio com flashcards, quizzes e vídeo-aulas sobre reações orgânicas diversas.

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Disciplina (ENS. SUPERIOR)

Química Orgânica III

Plataforma de apoio com flashcards, quizzes e vídeo-aulas cobrindo condensações, reações de aminas, heterocíclicos e as principais técnicas espectroscópicas de elucidação estrutural.

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Em breve: nova disciplina
Em breve: nova disciplina
Publicações

Produção científica

Uma seleção dos principais artigos publicados em periódicos internacionais. Perfil completo no ORCID.

In Silico Research in Biomedicine 2026

Dynamic Dock: A platform for automated molecular docking with active site detection and ligand replacement

Artigo que apresenta o Dynamic Dock, plataforma que automatiza o fluxo de docking molecular, detectando sítios ativos e substituindo ligantes automaticamente — a base científica por trás da ferramenta disponível no site do projeto.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa
Next Research Set/2025

Exploring the molecular potential of natural products against COVID-19 through molecular modeling and machine learning

Investigação computacional que combina modelagem molecular e aprendizado de máquina para identificar produtos naturais com potencial de ação contra a COVID-19.

Rafael Vieira; Vitor Hugo Batista; Kally Alves de Sousa
Expert Systems with Applications Ago/2024

LUMIOS – Label using machine in organic samples – A software for dereplication, molecular docking, and combined machine and deep learning

Apresenta o LUMIOS, software que integra dereplicação, docking molecular e algoritmos de machine e deep learning para acelerar a identificação de compostos em amostras orgânicas.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Ian Castro-Gamboa
Expert Systems with Applications Dez/2023

CHEIC: Chemical Image Classificator. An intelligent system for identification of volatiles compounds with potential for respiratory diseases using Deep Learning

Propõe o CHEIC, sistema inteligente baseado em Deep Learning para identificar, a partir de imagens químicas, compostos voláteis com potencial terapêutico para doenças respiratórias.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Givaldo Souza da Silva; Dulce Helena Siqueira Silva; Ian Castro-Gamboa
Frontiers in Natural Products Set/2023

Twenty-five years of natural products research in NuBBE

Revisão coletiva que celebra 25 anos do NuBBE, banco de dados de referência em produtos naturais, destacando sua contribuição para dereplicação e pesquisa quimiotaxonômica no Brasil.

Helena Mannochio-Russo; Ana Letícia Pires dos Santos; Rafael Vieira; et al.
Archives of Microbiology Ago/2021

Induction of metabolic variability of the endophytic fungus Xylaria sp. by OSMAC approach and experimental design

Estudo que utiliza a abordagem OSMAC combinada a planejamento experimental para ampliar a variabilidade metabólica do fungo endofítico Xylaria sp., visando a descoberta de novos metabólitos bioativos.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Afif Felix Monteiro; Luciano Silva Pinto; Ian Castro-Gamboa
Livro Maio/2026

Quimioinformática: Aprendizado de Máquina no Reconhecimento de Padrões Moleculares em Produtos Naturais

Livro dedicado à aplicação de métodos de quimioinformática e aprendizado de máquina no reconhecimento de padrões moleculares em produtos naturais.

Rafael Vieira
Capítulo de Livro (Nos trilhos da Extensão. Ed. IFRO) Outubro/2026

Exploração racional de produtos naturais contra dengue: desenvolvimento da plataforma computacional C2TROPICS

Capítulo dedicado ao desenvolvimento da plataforma computacional C2TROPICS para a exploração racional de produtos naturais com potencial contra a dengue.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Vitor Hugo Batista; Rafael Paraguassu de Souza Topan Sussai; Vitor Thiago Camargo Junior
Capítulo de Livro 2026

Determinação de ferro em amostras de águas subterrâneas: aplicação de metodologia analítica por espectrofotometria UV-visível e avaliação estatística

Capítulo que apresenta uma metodologia analítica para determinação de ferro em amostras de águas subterrâneas utilizando espectrofotometria UV-visível e avaliação estatística.

Rafael Vieira; Sofia Moreno Gomes Costa; Valeska Cristina Ribeiro dos Santos; Nathálya da Silva Grigorio Alves; Nathiely Pereira Fernandes; Lorenza Peterle de Souza; Kimberlly Spagnol Avelino; Maria Eduarda Macêdo Ramos; Mariany Stefany da Silva Souza
Registros

Registro de Programa de Computador

Softwares registrados junto ao Instituto Nacional da Propriedade Industrial (INPI), sob titularidade do Instituto Federal de Rondônia.

INPI Processo BR512026006804-5 Publicado em 12/03/2026

Dynamic Dock — A Platform for Automated Molecular Docking with Active Site Detection

Certificado de Registro de Programa de Computador, válido por 50 anos, sob titularidade do Instituto Federal de Rondônia.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Vitor Hugo Batista
INPI Processo BR512026006803-7 Publicado em 12/06/2025

PREDACTORS — Predicting Activity in Organic Samples

Certificado de Registro de Programa de Computador, válido por 50 anos, sob titularidade do Instituto Federal de Rondônia.

Rafael Vieira; Kally Alves de Sousa; Vitor Hugo Batista

Vamos conversar

Para colaborações acadêmicas, dúvidas sobre os projetos ou oportunidades de pesquisa.